林晓雯在整理坠楼学生的作文本时，指尖突然被纸页划破。血珠滴在《我的理想》标题上，晕染开的墨迹下竟显露出铅笔勾勒的工厂平面图。图纸边缘标注着"三号齿轮室"，坐标精确指向现在王莉家别墅的地下酒窖位置。她猛然想起上周家长会，王莉炫耀酒窖收藏时，背景里那扇铁门的纹路与老照片里的工厂安全门一模一样。
陈默在公司洗手间听见隔间传来齿轮转动的异响。推开门发现蓄水箱上放着枚生锈的齿轮，内侧刻着父亲工号。回到工位，新接到的星河湾项目资料里，绿化带设计图上莫名出现了七个齿轮状喷泉，排列方式与父亲病房窗台的零件完全一致。项目经理意味深长地提醒他："教育局很重视这次校企合作"。
朵朵是个好奇心很强的孩子，有一天她在帮数学老师整理教案本时，意外地发现其中一本教案本里夹着一张泛黄的齿轮设计图。这张设计图看起来有些年头了，上面的线条和标注都己经有些模糊不清。
朵朵对这张设计图产生了浓厚的兴趣，她想知道这张图是用来做什么的。于是，她决定假装向老师请教问题，趁机靠近老师，仔细观察一下这张设计图。
当朵朵走到老师身边时，她突然闻到了一股淡淡的铁锈味。这股味道让她想起了王莉家的花园，那里也有一股类似的铁锈味。朵朵心中不禁升起一丝疑虑，难道老师和王莉家的花园有什么关系？
放学后，朵朵正准备离开教室，同桌突然神秘兮兮地塞给她半块蓝色齿轮橡皮。朵朵疑惑地看着同桌，同桌小声告诉她，这半块橡皮是他在操场上捡到的，上面印着一个生产批号。
朵朵接过橡皮，仔细看了看上面的生产批号。她惊讶地发现，这个生产批号与之前在操场土壤检测报告里看到的污染物编码非常相似，只差最后一位数字。这让朵朵更加确信，这半块橡皮一定和操场的污染有关。
陈建国在养老院突然抢过园丁的剪刀，在草坪上剪出完美的齿轮形状。医护人员在他枕头下发现了实验小学的旧校徽，背面用指甲刻出的划痕组成一组经纬度——正是当年工厂废水排放口的坐标。老人间歇清醒时反复念叨的"三班倒"，正是事故当日母亲所在班组的轮值时间。
暴雨夜，王莉突然造访林家，带来的果篮底层藏着份泛黄的安全生产责任书。当电视闪过闪电时，林晓雯看清签名处被涂改的痕迹下，隐约可见现任教育局局长的名字。王莉起身告辞时，她的大衣纽扣在门廊灯下闪着诡异的蓝光——那分明是块微型齿轮，齿数与坠楼学生手表停摆时的指针位置完全相同。
陈默连夜赶往废弃工厂，在手电筒照亮的斑驳墙面上，发现了母亲用安全帽刻下的完整证据链。三号齿轮事故调查报告的原始数据，与现在星河湾项目的土方工程验收单，使用的是同一种特殊墨水。当他触碰墙面时，整块水泥突然剥落，露出后面锈蚀的保险箱——锁孔形状正是父亲最近涂鸦中反复出现的三齿钥匙。
当西个时空的线索在黎明前交汇，那些被刻意掩埋的罪恶终于浮出水面。陈默手机突然收到匿名邮件，附件是段模糊的监控视频：坠楼学生出事前，曾在钟楼顶部用手机拍摄王莉家花园，而镜头角落里，数学老师的身影正从侧门匆匆离开。
