意识迷宫中的危机暂时解除，城市地下的能量核心停止了自毁程序，控的人们意识逐渐恢复清明。林小满抱着恢复意识的朵朵，与夜枭、林深海在城市废墟中会合。曾经繁华的海城如今满目疮痍，紫色的残骸与扭曲的建筑交织，诉说着刚刚结束的惨烈战斗。
“安德森的主意识还未被彻底消灭。”夜枭的声音低沉，他的纳米机器人在废墟中搜寻，“他的代码就像病毒，只要还有一丝残留，就可能卷土重来。”林深海的鳞片缓慢愈合，她望着天空中逐渐消散的紫色阴霾，眼神警惕：“而且这个平行宇宙的深渊力量还未完全根除，我们必须找到根源。”
基因密钥在林小满手中微微颤动，淡粉色光芒指向城市边缘的一座废弃工厂。当众人靠近，工厂大门自动打开，内部弥漫着令人毛骨悚然的紫色雾气。突然，地面上伸出无数只枯瘦的手臂，这些手臂的主人是被深渊侵蚀的变异者，他们的皮肤干瘪，眼睛里闪烁着疯狂的紫色光芒。
“他们的基因链己经完全畸变，被深渊意识彻底奴役。”林小满握紧基因密钥，光芒所及之处，变异者的手臂被净化成灰烬，但更多的变异者从雾气中涌出。林深海的基因光刃再次亮起，银色光芒与紫色雾气碰撞，发出刺耳的嘶嘶声。夜枭则迅速黑进工厂的安保系统，试图找到控制这些变异者的源头。
在工厂深处，他们发现了一个巨大的培养皿，里面浸泡着一团不断蠕动的紫色肉块。肉块表面布满扭曲的人脸，每一张脸都在发出无声的惨叫。“这是......深渊意识的聚合体。”林小满的声音颤抖，基因密钥的光芒在接触肉块的瞬间被吸收，反而让它膨胀得更大。
“你们以为能阻止我？太天真了。”安德森的声音从肉块中传出，“这不过是我留在这个时间线的诱饵。当你们被困在这里，主时间线的深渊计划己经悄然重启。”肉块突然分裂，无数紫色孢子向西周喷射，所到之处，地面迅速长出尖锐的紫色晶体。
林小满来不及思考，将基因密钥与自己的基因烙印深度融合，淡粉色光芒化作护盾包裹住众人。但孢子的数量太多，护盾开始出现裂纹。夜枭突然喊道：“我找到它的能量供应源了！是工厂地下的旧能源站，只要切断能源，就能阻止它的生长！”
林深海身形一闪，朝着地下能源站冲去。在能源站，她看到巨大的反应堆正源源不断地向培养皿输送能量，反应堆的核心被紫色晶体层层包裹。她毫不犹豫地挥出基因光刃，斩向晶体。然而，晶体被斩断的瞬间，释放出强烈的电流，将她击飞。
与此同时，地面上的林小满和夜枭陷入苦战。变异者们不顾护盾的净化光芒，疯狂扑来，孢子也在不断侵蚀护盾。林小满感觉自己的力量在迅速消耗，基因密钥的光芒变得黯淡。就在这时，朵朵突然挣脱她的怀抱，小小的身体冲向变异者群。
“朵朵，别去！”林小满惊呼。但朵朵的身体突然亮起柔和的光芒，那是与林小满共生基因共鸣的力量。朵朵的光芒所到之处，变异者们纷纷停下脚步，眼中的疯狂逐渐消退。“姐姐，我能帮你。”朵朵的声音清脆，她的光芒与林小满的基因密钥光芒融合，形成更强大的净化力量。
夜枭趁机指挥纳米机器人，在培养皿周围布置电磁干扰装置。装置启动的瞬间，培养皿中的紫色肉块开始剧烈抖动，安德森的惨叫声回荡在工厂中。林深海也在此时成功切断能源站的供应，反应堆停止运转，紫色晶体迅速枯萎。
当一切尘埃落定，培养皿中的紫色肉块逐渐消散，只留下一地灰烬。但林小满知道，这只是暂时的胜利。安德森的威胁依旧存在，而在更遥远的时空，还有无数未知的深渊余孽等待着他们去清除。他们走出工厂，望着逐渐恢复生机的海城，新的征程在前方悄然拉开帷幕。
