城北水库的爆炸引发连锁反应，城市供水系统陷入瘫痪。高全带领的应急小组在抢修管道时，发现破裂处的混凝土里掺杂着大量矿渣，这些矿渣的辐射值远超正常水平，显然是人为替换了合格建材。更令人心惊的是，管道内壁上还刻着歪歪扭扭的数字“37”，与矿洞中的遇难人数一致。
林小雨在对新一批死者进行解剖时，发现他们的指甲缝里都残留着某种特殊的荧光物质。这种物质在紫外线照射下会显现出类似矿洞壁画的图案，而图案内容正是当年矿工被活埋的场景。她立刻将样本送往省实验室检测，得到的结果却让她不寒而栗——这种物质中含有一种能干扰人体DNA的放射性同位素，且与水厂赠送的“纪念版矿泉水”成分高度吻合。
高坤在游戏后台发现异常数据，有个匿名账号频繁进出虚拟矿洞，每次离开都会留下一段乱码。当他将这些乱码与母亲的加密账本对照时，竟拼凑出一串银行账号和密码。顺着这条线索，他追踪到境外一个庞大的洗钱网络，资金流向首指中茅市多位政商要员，其中就包括现任副市长的私人账户。
高桥在刘科的手机里恢复了被删除的短信，其中一条来自一个备注为“老板”的号码：“按原计划启动B方案，绝不能让高家人查出真相。”短信发送时间正是周维英出事前三天。他拿着这条线索去找高全，却在半路遭到神秘人袭击，对方戴着黑色头套，手中的电击枪上刻着铀矿徽章的图案。
高峰在调查水厂控制系统被黑事件时，发现黑客入侵的路径与之前攻击游戏公司的手法如出一辙。他调取了市政府的网络日志，惊讶地发现攻击发起于市长办公室的专用电脑。当他准备进一步取证时，整栋大楼突然停电，监控录像和电子档案全部被格式化。
暴雨中的中茅山，省地质队的钻探工作有了新发现。在距离“ZJ-03”矿洞三百米处，探测仪显示地下存在一个巨大的空洞，里面似乎存放着某种金属容器。当钻探机取出样本时，在场的专家脸色瞬间惨白——容器里装的是浓缩铀废料，其放射性强度足以摧毁整个中茅市。
高全在矿洞深处发现了周维英生前的笔记本残页，上面用密码记录着：“他们在策划一场更大的阴谋，矿洞只是开始，水源、空气、土地……整个城市都是他们的实验场。”残页边缘还画着一个滴水的水龙头，水龙头下方是密密麻麻的“ZJ-03”编号。
深夜的医院，高桥母亲的病情突然恶化。在昏迷前，她紧紧抓住儿子的手，用最后的力气说出：“去找……矿洞深处的……红色箱子……”话音未落，心电监护仪便发出刺耳的长鸣。高桥擦干眼泪，带着高全等人再次深入矿洞，在一处隐蔽的岩壁后，发现了那个布满灰尘的红色铁皮箱。箱子里装着一盘录像带和一本破旧的通讯录，录像带封面上写着“2003年10月15日，矿洞屠杀实录”。
此时的中茅市，谣言西起，人心惶惶。市民们自发组织起来寻找真相，而暗处的黑手却在酝酿着更可怕的计划。高全等人看着手中的录像带，深知这场与黑暗势力的较量，才刚刚进入最惊心动魄的阶段。录像带转动的声音在寂静的矿洞中回响，仿佛预示着更多不为人知的秘密即将被揭开。
